يتمثل الفرق الأساسي بين الحقن المجهري وأطفال الأنابيب في آلية تخصيب البويضة. فكلتا التقنيتين تتشابهان في المراحل الأولية، والتي تشمل
تنشيط المبايض وسحب البويضات من الزوجة، بالإضافة إلى جمع الحيوانات المنوية من الزوج. إلا أن الاختلاف يظهر في طريقة حدوث الإخصاب داخل المختبر :
- تقنية أطفال الأنابيب (IVF) : توضع البويضات مع عدد من الحيوانات المنوية في بيئة مخبرية مناسبة، ويحدث التخصيب بصورة تلقائية عندما يتمكن أحد الحيوانات المنوية من اختراق البويضة.
- الحقن المجهري (ICSI) : يقوم الطبيب باختيار حيوان منوي واحد بعناية، ثم يحقنه مباشرة داخل البويضة باستخدام أدوات مجهرية دقيقة لزيادة فرص حدوث الإخصاب .